A empresa pode alterar o horário de trabalho do funcionário?

Alteração de horário de trabalho é sim permitido.

Está regulado no Artigo 468 da CLT que diz:

Artigo 468 Nos contratos individuais de trabalho só é lícita a alteração das respectivas condições por mútuo consentimento, e ainda assim desde que não resultem, direta ou indiretamente, prejuízos ao empregado, sob pena de nulidade da cláusula infringente desta garanti.

* Vide arts 7.º, VI, XXVII, 37, XV, DA CF DE 1988 E 17 DO ADCT

Parágrafo único: Não se considera alteração unilateral a determinação do empregador para que o respectivo empregado reverta ao cargo efetivo, anteriormente ocupado, deixando o exercício de função de confiança.

Essas mudanças só podem ser feitas quando há um mútuo consentimento. Só pode acontecer quando o funcionário concorda com essas mudanças, e essas mudanças também não podem trazer prejuízos ao trabalhador.

Exemplo: Trocar o trabalhador do turno noturno para o diurno numa filial que seja longe da casa dele e que tenha difícil acesso e que tenha dificuldade de obter condução para o trabalho, isso trará um prejuízo para o trabalhador, e essa alteração é inválida.

Toda alteração, seja de horário de turno ou de sede de filial, que não tenha a autorização expressa por escrito pelo funcionário ela é nula, não existe, ela não pode acontecer e deve ser desfeita.

Porém fique atento: A mudança só pode ser feita quando tiver uma aceitação expressa de você, funcionário.